Une étude menée au Cameroun entre avril 2020 et août 2022 a analysé la diversité génétique du SARS-CoV-2 et évalué la fiabilité du test SNPsig® SARS-CoV-2 EscapePLEX CE pour détecter rapidement les variants préoccupants. Sur 130 séquences générées, les variants Alpha, Beta, Gamma, Delta et Omicron ont été identifiés, avec une prédominance d’Omicron (98 %) lors de la quatrième vague. Les sous-variants d’Omicron incluaient BA.1 (47 %), BA.5 (34 %), BA.2 (13 %) et BA.4 (6 %).
Le test SNPsig® a montré une concordance globale forte avec le séquençage Sanger (kappa = 0,67), bien qu’il ait présenté des limites pour distinguer certains sous-lignages d’Omicron. Les performances variaient selon les variants : excellente pour Omicron (kappa = 0,96), mais modérée pour Beta (kappa = 0,66). Le séquençage partiel du gène Spike a permis d’identifier les variants avec un taux de réussite de 79,75 %.
L’étude souligne l’importance de la surveillance génomique pour suivre l’évolution des variants, en particulier dans les régions aux ressources limitées. Le test SNPsig® s’est avéré utile pour une détection rapide, mais nécessite des mises à jour pour améliorer sa précision, notamment face aux sous-variants émergents.