Une étude menée entre décembre 2021 et juin 2022 au Cameroun a identifié les sous-variants Omicron BA.4 et BA.5 comme responsables de la cinquième vague de COVID-19. Sur 318 génomes séquencés, 94 % appartenaient au variant Omicron, dont 78,9 % BA.1, 8,7 % BA.2, et 3 % BA.4 et BA.5 combinés. Les régions du Nord-Ouest et du Littoral ont été les plus touchées, avec respectivement 890 et 678 nouveaux cas lors des six dernières semaines de l’étude.
L’analyse phylogénétique a révélé que les souches BA.4 et BA.5 formaient un groupe distinct, éloigné de la souche Omicron initiale détectée au Botswana. Une recombinaison entre BA.2 et BA.4/BA.5 a été observée, soulignant l’évolution dynamique du virus. Les séquences camerounaises étaient étroitement liées à celles des États-Unis, du Danemark et d’autres pays, suggérant des introductions multiples.
L’étude souligne l’importance d’une surveillance génomique locale pour anticiper les résurgences et guider les stratégies de santé publique. Les BA.4 et BA.5, majoritairement asymptomatiques, ont été détectés chez des voyageurs (44,4 %) et des cas locaux (55,6 %). Ces résultats mettent en évidence la nécessité de renforcer les capacités de séquençage en Afrique pour une réponse rapide aux variants émergents.
Chiffres clés :
94 % des génomes séquencés étaient Omicron.
890 nouveaux cas dans le Nord-Ouest en six semaines.
497 mutations identifiées dans la souche BA.5 la plus proche de l’Omicron original.