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Introduction
La pandémie de COVID-19 a mis en lumière l’importance cruciale de la surveillance génomique pour suivre l’évolution du SARS-CoV-2. Au Cameroun, une étude récente a évalué la dynamique des variants et testé un outil de diagnostic rapide dans un contexte où les ressources limitées rendent le séquençage complet difficile.
Les vagues épidémiques et l’évolution des variants
Entre avril 2020 et août 2022, les chercheurs ont analysé 130 échantillons positifs au SARS-CoV-2. Les résultats montrent une évolution marquée :
- Première vague : dominance des souches originelles (30 cas) avec un seul cas de variant Gamma
- Deuxième vague : apparition des variants Alpha et Beta (4 cas chacun)
- Troisième vague : forte prévalence du Delta (27 cas)
- Quatrième vague : quasi-exclusivité d’Omicron (53 cas), avec BA.1 comme sous-variant majoritaire
Fait notable : les porteurs d’Omicron étaient significativement moins souvent symptomatiques que les autres (seulement 3 cas symptomatiques sur 53).
Un outil rapide pour les pays aux ressources limitées
L’étude a comparé deux méthodes :
- Le séquençage Sanger (gold standard) avec 79,75% de réussite
- Le test SNPsig® EscapePLEX CE, plus rapide et moins coûteux
Les résultats montrent une bonne concordance globale (kappa=0,67) entre les deux méthodes, avec des performances excellentes pour Omicron (kappa=0,96) mais plus modestes pour le variant Alpha (kappa=0,25).
Perspectives et limites
Bien que prometteur pour une surveillance rapide, le test SNPsig® présente des limites :
- Difficulté à distinguer certains sous-variants d’Omicron
- Nécessite des mises à jour régulières pour suivre l’évolution virale
Cette recherche souligne l’importance d’adapter les outils de diagnostic aux réalités locales, tout en maintenant des capacités de séquençage pour identifier les nouveaux variants.
Conclusion
L’étude camerounaise offre un modèle intéressant pour le suivi des variants dans les pays aux ressources limitées. Elle montre à la fois la valeur des tests rapides et la nécessité de les compléter par des méthodes plus complètes pour une surveillance efficace à long terme.
Source : Fokam et al., Heliyon (2024)
Chiffres clés :
- 130 séquences analysées sur 2 ans
- 53 cas d’Omicron détectés lors de la 4ème vague
- 0,96 : excellente concordance pour Omicron entre les tests
